VirtualBox образ системы для океанологов на основе Ubuntu
Задача: Сделать образ Linux системы, содержащей уже установленные программы для океанологов, которым мог бы пользоваться самый прожженный виндузятник.
?нструменты: VirtualBox
К сожалению большинство программ популярных у океанологов и людей к ним приближенных совершенно не популярны у остальной части человечества. Не популярны до такой степени что дистрибутивы типа Ubuntu их в себя не включают, то есть практически мало вероятно что вы сможете выполнить
и получить желаемый результат. Более того, зачастую даже для немного продвинутого в *nix системах человека правильно поставить некоторый океанологический софт представляется задачей нетривиальной. Он даже может после пары часов (в лучшем случае дней) плюнуть на это дело. Если же человек сидит на Виндоуз, то от него потребуются и вовсе титанические усилия, связанные с дополнительными трудностями перехода на новую систему.
Чтобы хотя бы частично избавиться от вопросов типа «почему у меня PyNGL на новой Убунте не устанавливается?» и «что прописать в .bashrc чтобы заработал Ferret» я решил создать образ системы в которой все основные программы о которых рассказывается на koldunov.net были бы уже установлены и работали.
За основу был взят LTS дистрибутив Ubuntu 8.04 . Программы были проинсталированы и более-менее проверены на работоспособность. В результате получился образ системы для VirtualBox, который вы можете развернуть как под Линукс, так и под Виндоуз.
Кто все уже понял может качать образ отсюда (1.5 гигабайта, запакован bzip2, после распаковки 5.2 гигабайта), создавать виртуальную машину, подключать его и работать ( логин:ocean пароль:ocean ). Для остальных будут даны подробные инструкции по установке всего этого хозяйства в Виндоуз.
Но для начала список проинсталированных программ (основная масса лежит в папке /home/ocean/PROGRAMS ):
- build-essential — джентельменский набор утилит для компиляции программ
- csh — да, по умолчанию его в Убунте нет )
- netcdf-3_6_3 — библиотека для работы с форматом NetCDF. Скомпилирована и установлена в отдельную папку. С библиотеками которые поставляются вместе с Ubuntu у меня почему то всегда возникали проблемы.
- cdo 1.4.0.1 набор утилит для работы с выводом множества геофизических моделей. Cкомпилированы только с поддержкой NetCDF.
- Scipy — питоновский модуль для научных работников
- Numpy — питоновский модуль для работы с массивами
- Matplotlib — питоновский же модуль для отображения графики
- ipython — интерактивная оболочка для Питона.
- gv — гляделка *ps файлов. Страшная на вид, но быстрая и удобная.
- GMT 4.5.1 — набор утилит для визуализации геофизических данных, в основном умолчальные настройки.
- Ferret v6.3 — программа анализа океанографических (и метеорологических) данных.
- ncview 1.93 — лучшая программа для быстрого просмотра NetCDF файлов.
- NCL 5.1.1 — язык программирования для наук о Земле
- PyNGL/PyNIO 1.2.0 — питоновский модуль для визуализации данных, основанный на NCL
- GrADS 2.0.a7.1 — древняя, но все еще пользующаяся популярностью программа для визуализации.
Очень вероятно что рано или поздно на меня выйдут создатели программ и настучат по шапке в связи с нарушением каких ни будь идиотских лицензий. Тогда лавочку придется прикрыть. Единственно очень прошу, если вы собираетесь пользоваться PyNGL/PyNIO или NCL, не поленитесь, зарегистрируйтесь на сайте http://www.earthsystemgrid.org и испросите официального разрешения как это описано тут. Дело здесь не в лицензии а в том что финансовая поддержка создателей этих пакетов сильно зависит от статистики скачиваний с данного сайта.
Если вы думаете что я упустил какую-то интересную программу, которую невозможно поставить из репозиториев Ubuntu, то буду рад рассмотреть предложения в комментариях.
Далее будут инструкции для друзей наших виндузятников. Замечу, однако, что этот образ может пригодиться и тем кто в повседневной работе использует линукс, как некий вариант системы у которой «все включено», и которая может бежать на виртуальной машине внутри вашей основной инсталяции линукса.
Установка образа в VirtualBox под Windows
Скачиваем файл отсюда и распаковываем. В принципе в TotalComander есть поддержка bzip2, но если его у вас нет, то здесь можно найти bzip2 для Windows.
Устанавливаем бесплатный VirtualBox (убунтушники могут поставить из репозиториев). UPD Практика показала что с последними версиями VirtualBox гостевые дополнения (о них речь ниже) для Ubuntu 8.04 не ставятся. Поэтому скачивайте версию VirtualBox 3.0.14, на ней все гарантированно будет работать. (Если у вас до этого уже стояла более новая версия, в виндоуз возможно придется удалить папку C:\Documents and Settings\Admin\.VirtualBox).
Запускаем его и жмем на кнопочку «Создать»,
сейчас мы будем создавать нашу виртуальную машину.
Жмем «Далее»
Делаем все как на картинке.
Сколько дать памяти виртуальной машине вопрос который каждый решает для себя сам ) Слишком много не давайте, будет тормозить основная система. У меня работало на 300 Мб оперативки довольно шустро.
Выбираем «?спользовать существующий жесткий диск» и жмем на иконку папочки справа.
Появится такое вот окошко. В нем нажимаем «Добавить».
Выбираем наш Ocean.vdi
Теперь он появился в списке доступных дисков. Жмем «Выбрать»
Еще раз читаем то ли мы создаем что хотели и жмем «Готово»
Запускаем виртуальную машину. Должно появиться окошечко в которой пойдет загрузка. Через некоторое время вас попросят ввести логин (ocean) и пароль (ocean). Во время загрузки VirtualBox будет вам разное интересное рассказывать про мышку и про цвета, лучше это дело прочитать, но особо не замарачивайтесь, после парочки дополнительных манипуляций вы будете работать с Линуксом в вашей системе просто как с еще одной программой 🙂
Чтобы подружить Виндоуз и Линукс окончательно, вам нужно установить некоторые дополнения для Линукса. Для этого выбираем в окошке где бежит наша виртуальная машина пункт меню «Устройства» >> «Установить дополнения гостевой ОС»
Вам будет показано следующее пугающее сообщение. Хорошенько подумайте и соглашайтесь. Произошло на самом деле следующее — VirtualBox подключил виртуальный CD со своими спецпрограммками и запустил их установку. Чтобы подтвердить начало установки вас попросят ввести пароль (ocean)
Откроется терминал, Убунта пошуршит какое то время и попросит перезагрузиться. Это можно сделать нажав на кнопку выключения в правом верхнем углу.
Теперь вы можете не мучится с захватом мышки, полноценно переходить в полноэкранный режим (правый Ctr+F) и копируя текст в Виндоуз, вставлять его в Линукс. Чудеса техники.
Последний штрих это расшаривание папок. К сожалению до драг энд дропа между системами дело еще не дошло, так что придется по-старинке. Тут нужно будет немножко поработать с консолью, но это не страшно ).
Для начала идем в свойства нашей виртуальной машины и выбираем последний пункт «Общие папки»
Я создал в корне диска C папку SHARE, чего и вам советую, и добавил ее.
Теперь запускаем Убунту, ждем загрузки и открываем терминал (иконка с черным экранчиком на верхней панели). Пишем в нем по очереди следующее (спасибо за подсказку неизвестному герою)
sudo mount.vboxsf SHARE /mnt/SHARE
После ввода первой команды от вас попросят пароль.
Теперь вы можете работать с папкой, путь до которой в линуксе будет /mnt/SHARE
? это значит не просто копировать данные туда-сюда, но и анализировать их прямо в этой папке. Например можно посмотреть NetCDF файлик при помощи ncview
На этом все. Надеюсь что хоть кто то найдет этот образ полезным и начнет пользоваться замечательными линуксовыми программами для обработки океанологических данных без геморроя с их установкой на незнакомой системе 🙂
Работа проделана мощная.
Я бы, правда, скорее написал кучку PKGBUILDов для ArchLinux. Всё-таки, в этом дистрибутиве намного легче собирать и обновлять пакеты, которые в репозитории не попали.
У кого-то приступ прокрастинации похоже 😉
2MishaMeteo
Законный выходной могу тратить как хочу ))
Очень полезное дело сделал, молодец! Я бы до кучи накинул GDAL в дистрибутив и его Питоновское расширение)
В VirtualBox есть экспорт/импорт так называемых appliances, так что создание и настройку новой виртуальной машины можно будет пропустить.
Второе — почему бы сразу не установить guest os additions и тогда не напрягать этим пользователя? (я тут и сам не уверен — но вроде должно сработать.)
А ещё — точно так же вашу машинку можно будет пользовать и на Маке и даже на Солярке 😉
2kribli
1) Да, есть, но только в последних версиях ) У меня стояла версия постарше и обновился я до новой уже после того как сделал этот пост. Если будет «следующая версия» то так и сделаю.
2) Я так понимаю при каждой комбинации хоста и гостя guest os additions будут разные, а поскольку я предполагаю что ставиться этот образ будет не только на виндовые машины, решил guest os additions сразу не устанавливать.
3) Ну в общем да 🙂
Очень хотелось воспользоваться , но файл Ocean.vdi.bz2,
так и не удалось распаковать,
Total Commander говорит, что архив поврежден или не известен ему.
Вот и думаю это у меня ручки -крючки или … есть более удачливые ?
2Светлана
Мне говорили что есть более удачливые ) По крайней мере один человек смог скачать, распаковать и загрузить.
Возможно у вас не установлен какой ни будь плагин для Total Comander который понимает bz2?
Очень хорошая сборка, а главное — очень своевременно! Только вот пытался поставить NCL на новую убунту — не хотит зараза. 🙁 Пришлось старый диск доставать…
А compiz в ubuntu на виртуальной машине запускать не пробовали?
Слух, а у меня после каждой перезагрузки Ubuntu он абмонтирует расшаренную папку. Как бы мне ее навечно примонтировать? Заранее спа
2 kima
:)) как раз сюда зашла, чтобы посмотреть и в очередной раз папочку расшарить,
думала это у меня только так
2kima
Самый простой способ, на мой взгляд, это написать скрипт, который будет выполняться при старте системы, например как тут описано
http://virtualdebian.blogspot.com/2007/12/sharing-folders-with-virtualbox.html
Хорошо бы сюда еще добавить GOTM-GUI (http://www.gotm.net/index.php?go=software&page=gui/index). Он под Виндовс очень нестабильно работает((( Это вообще возможно?
2Dima
Попробовать можно, учту если буду следующую версию собирать )
хорошо бы ещё фортрановский компилятор добавить … интеловский под линукс бесплатный.
2dmitry
Можно, конечно. А что gfortran не хватает?
Почитал комментарии и понял, что отношусь к числу счастливых ))) Вчера поставил Uduntu предложенным методом — пошло с первого раза! Благодарствую за науку, а то на работе с подключением интернета под Linux возникли проблемы из серии непреодолимых…)))
Здравствуйте, Николай.
Вы оказались правы — GMT не столь простая штука в установке. Короче, родная у меня не пошла — автоматическая подвисала где-то в середине скачивания (виноват гпрс-модем?), скачанная для ручного режима все компилировала, но что-то сообщала об ошибке на стадии install. В общем, нашел я GMT в репозитории OpenSUSE и радовался, пока не обнаружил вот такое замечательное поведение: отрисовка заданного диапазона данных (либо его поддиапазона) происходила успешно. Долготы у меня — 0..360 (-R0/360/-90/90). Но вот потребовалось мне сдвинуть нолик в центр (-R-180/180/-90/90). Вместо карты я получил цветное месиво. Поспрошал помощи и замечательного Пауля, на что тот высказал свое убеждение, что это должно быть что-то с округлением, и посоветовал мне перекомпилировать все хозяйство. Для наглядности по высланным ною данным он прислал вайлик, где все нормально отрисовано. Т.к. перекомпилировать rpm-ки как-то не придумано, решил я поробовать ваш образ. Ну что ж — та же проблема. Так что такой вот вам багрепорт.
у меня не скачивается, ошибка соединения!!!!((((((((
Спасибо, огромное. Очень полезная штука.
Как Вы добились работоспособности GrADS?
У меня эта программа в Ubuntu 10.4 отказывается работать в графическом режиме.
При установке у меня появляется окошко:
1) Virtual Box- ошибка
Во время работы виртуальной машины произошла ошибка. Подробности ошибки приводятся ниже. Вы можете попытаться исправить ситуацию и возобновить работу виртуальной машины.
Unable to allocate and lock memory. The virtual machine will be paused. Please close applications to free up memory or close the VM.
ID ошибки: HostMemoryLow
Важность: нефатальная ошибка
2) При установки Дополнения гостевой ОС появляется окошко:
Не удалось подключить образ оптического диска С:/Progra~1/Oracle/VIRTUA~1/VBoxGuestAdditions.iso к машине ocean. Не желаете ли произвести силовое подключение данного устройства?
Could not unmount the currently mounted media/ drive (VERR_PDM_MEDIA_LOCKED).
Код ошибки : E_FAIL ( 0x80004005)
Компонент : Console
?нтерфейс : IConsole{ 515e8e8d-f932-4d8e-9f32-79a52aead882}
Вызванный интерфейс : IMachine {662c175e-a69d-40b8-a77a-1d719d0ab062}
Вобщем не работает, что делать?
2Nadezda
Первая ошибка связана с тем что виртуальной машине банально не хватает памяти. Либо у вас слишком слабый компьютер, с малым количеством оперативной памяти, либо вы отдали слишком мало, или слишком много памяти виртуальной машине. Попробуйте поиграться с этим параметром (четвертая картинка сверху в этом посте)
Во втором случае похоже что у вас примонтирован CD. Попробуйте отключить его сначала, пойдя в меню виртуальной машины «Устройства >> Отключить CD/DVD-ROM» (Десятая картинка сверху в этом посте).
Что касается второго случая, пойдя в меню виртуальной машины “Устройства» у меня нет «Отключить CD/DVD-ROM».
У меня в «Устройства»:
Приводы оптических дисков ( Выбрать образ оптич. диска
Привод хоста ‘E:’
?зъять диск из привода)
Устройства
Сетевые адаптеры
Общие папки
Удаленный дисплей
Установить Дополнения гостевой ос
? еще у меня ( картинка11) на картинке рядом с журавлем вместо VBOXADDITIONS_3.0.10_54097 написано VBOXADDITIONS_4.0.4_70112
2Nadezda
Не знаю актуально ли еще, но решением вашей проблемы было бы переустановить версию виртуальной машины на менее новую (3.0.14). Я обновил пост соответственно.
Спасибо огромное! Даже не знаю как Вас благодарить за такой труд, за настоящую помощь!
Не устанавливаються обновления — пишет: w: что нет связи с хостом и не возможно определить IP
2aleran
Я с такой проблемой не сталкивался. Мне удавалось обновляться, но дело это неблагодарное, поскольку некоторые программы переставали работать.
Попробуйте посмотреть разрешён ли вашей виртуальной машине доступ в сеть.
Приветствую! ?нформативно, качественно с «душой» все описано и выложено! Спасибо!
Есть вопрос, а нет ли у вас опыта работы с MatLab под ubuntu???